Une grande partie de l’éclairage que reçoivent les grands bassins (océanique, pleine mer, lagon, lions de mer, forêt immergée, manchots…) est naturel (fenêtres, ouvertures dans les toits) et suit donc les cycles des saisons et les cycles lunaires. Un éclairage complémentaire est apporté par des lampes spéciales (de plus en plus de LED) sur horloges. Il y a même un éclairage nocturne de couleur bleue qui imite celui de la lune. L’éclairage « scénographique » ne fonctionne pas la nuit. Seule la lumière naturelle de la lune passe par les fenêtres au-dessus du grand bassin de la Haute mer.